Directeur d’études à l’École Pratique des Hautes Etudes de 1964 à 1994, directeur d’études à l’Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales de 1986 à 1992, Jean Aubin dirige également le Centre d’études islamiques et orientales d’Histoire comparée de l’EPHE de 1969 à 1986 et le Centre d’études sur le Portugal de la Renaissance.

Fondateur du Centre d’études portugaises de l’EHESS de la revue Moyen-Orient & Océan Indien, XVIe-XIXe siècles, il est un temps président de la Société française d’Histoire du Portugal, membre associé de l’Académie de Marine de Lisbonne, membre associé de l’Académie portugaise d’Histoire et correspondant étranger de l’Académie des Sciences de Lisbonne.

Etudiant les rapports entre Orient et Occident, le monde irano-turc des XIIIe-XVe siècles, il est considéré comme un ponte des études ilkhanides, safavides et indo-portugaises.

Son ouvrage en trois volumes, Le latin et l’astrolabe, est une référence pour l’étude de l’histoire globale.