Après des études d’espagnol à l’Université de la Sorbonne-Paris IV, Béatrice Pérez est pensionnaire de la Fondation Thiers de 1998 à 2001. Elle soutient sa thèse sur les judéoconvers en Basse-Andalousie occidentale à la fin du XVe siècle en 2001.

Maître de Conférences à l’Université de Haute Bretagne-Rennes 2 de 2002 à 2012, elle remporte en 2008 le « Prix de la Recherche Alberto Benveniste 2008 », décerné pour Inquisition, Pouvoir Société. La province de Séville et ses judéoconvers sous les Rois Catholiques, publié en 2007.

Depuis 2012, elle est maître de conférences à l’Université Paris-Sorbonne.