Né à Metz en 1935, Nathan Wachtel obtient son agrégation d’histoire en 1963, consacrant sa thèse à la conquête espagnole vue par les Indiens du Pérou. Soutenue en 1696, elle est publiée en 1971 sous le titre La Vision des Vaincus – Les Indiens du Pérou devant la Conquête Espagnole (1530-1570). Eminent spécialiste de l’Amérique latine, il s’intéresse également à l’histoire de la communauté marrane et publie divers ouvrages à ce sujet, tels Foi du souvenir (2001) ou Entre Moïse et Jésus : études marranes (2013). A partir de 1976, il est directeur d’études à l’École pratique des hautes études.

De 1992 à 2005, il occupe la chaire d’histoire et d’anthropologie des sociétés méso- et sud-américaines au Collège de France.