Né en 1949 à Fort Monroe, en Virginie, John Thornton est diplômé de l’Université du Michigan et de l’UCLA en histoire africaine en 1979. Dans les années 1980, il enseigne dans diverses universités des Etats-Unis et d’Afrique, telles l’Université de Zambie, l’Allegheny College, et l’Université de Virginie. De 1986 à 2003, il est professeur à la Millersville University, puis il rejoint l’Université de Boston.

S’intéressant à l’histoire du royaume du Kongo, il rédige de nombreux articles et livres sur la place de la religion chrétienne et la présence des Capucins dans la région. Avec sa femme et collègue Linda Heywood, il se spécialise en histoire globale, et tout particulièrement en histoire atlantique. En 2012, il remporte le prix du meilleur nouveau livre en histoire globale, décerné par la World History Association.

Travaillant depuis près de 30 ans sur la figure de la reine Njinga, il est considéré comme l’un des meilleurs spécialistes de l’Afrique centrale au XVIIe siècle.