Après des études de philologie et histoire orientales à l’Université Libre de Bruxelles et un doctorat à l’Université de Liège où il soutient une thèse sur Muḥibb al-Dīn al-Ṭabarī, un auteur mecquois du XIIIe siècle, Frédéric Bauden se forme à l’école historico-philologique. S’intéressant à la papyrologie, l’épigraphie et la paléographie, il lance le projet de la Bibliotheca Maqriziana, après avoir découvert les textes de l’historien égyptien al-Maqrīzī dans le fonds manuscrit de l’Université de Liège. Ce projet permet de mettre à disposition un grand nombre de textes anciens et d’édition critiques.

Spécialiste de l’époque mamlouke, il dirige le Service de langue arabe, études islamiques et histoire de l’art musulman à l’Université de Liège depuis 2001. Il dirige également le projet Ex(-)Libris Ex Oriente, collectant les éléments paratextuels nécessaires à l’étude de la transmission des textes de l’Islam.