Yosef Kaplan naît en 1944 à Buenos Aires. Il s’installe en Israël en 1962 et devient professeur à l’Université hébraïque de Jérusalem. Membre de l’Academia Israelí de Ciencias y Humanidades (Académie Israélienne de Sciences et Humanités) depuis 2004, il a été président de la Sociedad Israelí de Historia (Société israélienne d’Histoire), des Archivos Centrales para la Historia del Pueblo Judío (Archives centrales d’histoire du peuple juif) et de l’Asociación Internacional de Sociedades para el Estudio de la Historia del Pueblo Judío (Association Internationale des Sociétés consacrées aux études de l’histoire du peuple juif).

Directeur du département d’histoire depuis 2001, il a publié de nombreuses études sur l’histoire sociale et intellectuelle des communautés juives hispano-portugaises de l’époque moderne, dont La diaspora séfarade occidentale (Tel-Aviv, 1994), Du christianisme au judaïsme, Les Nouveaux-Juifs d’Amsterdam et l’Histoire d’Isaac Orobio de Castro.