Né à Joué, dans l’Anjou en 1620, il reçoit les leçons du philosophe Pierre Gassendi et étudie la médecine à Montpellier. Désireux de voir le monde, il embarque pour l’Orient en 1656 et il visite la Syrie, l’Egypte et l’Inde. Il devient pendant de longues années le médecin d’Aurangzeb, Grand Moghol de l’Inde. A son retour en France en 1669, ce grand épicurien relate à l’écrit le récit de ses aventures et dresse un tableau édifiant de l’Inde sous le titre de Voyages de François Bernier contenant la description des États du Grand Mogol, de l’Hindoustan, du royaume de Kachemire et obtient un grand succès public.

Ami de La Fontaine, de Molière et de Boileau, il rédige également des essais défendant les théories de Descartes et des abrégés de philosophie. Fidèle à la pensée de Gassendi, il s’attache à diffuser et vulgariser ses idées.

Il visite l’Angleterre en 1685 avant de mourir à Paris en 1688.